Shadow Empires esittelee peliin uuden konseptin - Ryhmät. Pelin alussa pelaajat valitsevat heimonsa ja lisäksi ryhmänsä. Valittavana on 5 ryhmää. Jokainen ryhmä aloittaa pelin eri sijainnilla kartalla:

Keisarikunta – keskustassa	Dynastia – kaakossa
Kapinalliset – luoteessa	Lauma – idässä
Ryöstelijät – pohjoisessa

Aluksi tietyn ryhmän uudet pelaajat alkavat samalla alueella. Kun se on täytetty, uudemmat pelaajat alkavat esiintyä toisella lähellä olevalla alueella ja niin edelleen. Se ei enää riipu neljänneksistä tai etäisyydestä karttakeskuksesta.

Alueet

Ryhmät eivät vain määrittele pelaajien aloituspaikkaa, vaan myös tuovat uuden tason yhteistyön pelaajien välillä.

Alueita valloittavat nyt ryhmittymät, eivät yksittäiset liitot. Sekä ryhmät että liitot, jotka auttoivat valloittamaan alueita, saavat voittopisteitä. Kuitenkin vain yksi liittolainen voi saada alueen muinaisen voiman hallintaansa. Katso lisätietoja alueista ja muinaisvalloista käsittelevästä artikkelista.

Ryhmien pelaajat ja liittoumat

Pelaajat valitsevat ryhmänsä pelin alussa eivätkä voi muuttaa tätä valintaa.

Liittouma kuuluu liittouman luoneen pelaajan ryhmään. Sitä ei myöskään voida muuttaa myöhemmin.

Pelaajat voivat kuitenkin vapaasti liittyä mihin tahansa liittoumaan. Joten vaikka aloittaisit ryhmässä Kapinalliset, voit liittyä liittoumaan, joka kuuluu Hordeen tai muuhun ryhmään.